连作加剧了病害
受到利益、环境等因素的影响，人们很难完全避免连作，由此便破坏了棚室土壤中的营养平衡，导致土壤恶化，积聚的病原菌越来越多，像根腐病、枯萎病等病害迅速增加，使产量下降，影响收成。
管理跟不上病害加重的速度
多数种植户都采取多种蔬菜混种的方式，劳动量大，管理难度大，导致病害混合交叉，种植户对病害的管理无法达到防治目标，化学药剂的过量使用导致病害加剧，不仅增加了成本，也影响无公害生产目标。
氮肥的过量撒施破坏土壤平衡
一直以来，我国菜农都沿袭经验施肥，导致农家肥的数量严重超标，连续多年的过量施肥破坏了土壤平衡，导致蔬菜品质降低，影响无公害蔬菜的生产。
有害气体的威胁加重
棚室栽培中会产生氨气与二氧化碳，尤其是施肥的深度不够会导致大量的氨气产生，从试验数据来看，如果棚室内的氨气含量达到5mg/L，会伤害到叶片与生长点而一次性撒施的氮肥量过大的话会使蔬菜产生生理障碍，导致植株枯萎，阻碍蔬菜生长，降低蔬菜的整体品质。
低温产生的影响
温度对棚室蔬菜的重要性毋庸置疑，一旦光照与温度分布不均，则会产生较大的昼夜温差，导致冷风人侵，植株受到低温影响，出现黄花、叶枯等病害，大部分蔬菜成为无头株，品质下降。
棚室蔬菜种植结构不合理
从当前棚室蔬菜的种植情况来看，种类单一，以黄瓜、豆角等常见蔬菜为主，但人们的生活质量在不断提高，人们对蔬菜种类的要求在不断提高，对无公害蔬菜的要求也在提高，相比之下，东北菜市场的品种单一，很多特殊品种较少，没有形成规模种植，不利于市场供应，影响农民的经济收入。
过度采用高剂量农药
不可否认，随着研究技术的发展，农药的效果更加明显，提高了蔬菜生产量，但是由于农药使用不当，越来越多的高毒、高残留农药开始出现，导致生产出的蔬菜危害人们的健康，破坏生态平衡，甚至使人与牲畜中毒。
